В настоящее время зоологический музей занимает несколько аудиторий первого этажа главного корпуса Томского госуниверситета. В музее имеется три выставочных зала, научное и костное хранилище, реставрационная мастерская.
Объемы коллекций, собранных в музее составляют около 120 тыс. экземпляров.

Наибольшую ценность представляет собой научная коллекция (35 тыс. ед.хранения) в которую входят:
тушки млекопитающих - 7,5 тыс.
тушки птиц - 17 тыс.
остеологическая коллекция -3 тыс.
оологическая - 1 тыс.

Имеются также коллекции рептилий, земноводных и беспозвоночных животных, представленных как мокрыми, так и сухими препаратами.
Музей располагает обменным фондом и участвует в учебном процессе, предоставляя учебные коллекции для занятий студентов.

Основной принцип построения экспозиции - демонстрация животных в соответствии с современной научно обоснованной системой. Дополнением к нему служит показ животных в естественной обстановке.
Биологические группы и диорамы в разделе птиц и млекопитающих демонстрируют обитателей основных биогеографических зон Евразии, а в разделе беспозвоночных отражено разнообразие природных зон Мирового океана от тропических до приполярных областей.